高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候， 目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。 他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！ 他从此在小兰家中住下不断寻找黑衣人组织线索...
